Na czele Zakonu stal Wielki Mistrz, wybierany spośród braci-rycerzy na okres dożywotni. Wszyscy członkowie byli zobowiązani do bezwzględnego posłuszeństwa jego rozkazom, choć jego władza nie była absolutna.
W najbardziej doniosłych sprawach decydowały postanowienia Kapituły Generalnej, która obradowała raz w roku.

Najbliższych pięciu współpracowników Wielkiego Mistrza tworzyło Radę podległą Kapitule Generalnej.
Byli to następujący dygnitarze:
- Wielki Komtur - kierownik administracyjno-gospodarczy;
- Wielki Marszałek - odpowiedzialny za sprawy militarne;
- Wielki Szpitalnik - zajmujący się działalnością charytatywna, odpowiedzialny za sprawy medyczne i sanitarne;
- Wielki Szatny - zajmujący się ekwipunkiem;
- Wielki Skarbnik - zarządzający sprawami finansowymi i skarbcem zakonu.
Stan finansów był ścisła tajemnicą. Znany był tylko Wielkiemu Mistrzowi i Wielkiemu Komturowi.
Po utworzeniu państwa zakonnego w Prusach ze stolicą w Malborku, powstały nowe urzędy:
- Mincerza - bijącego monetę zakonną
- Wielkiego Szafarza - odpowiedzialnego za handel

W XIII wieku posiadłości poza Królestwem Jerozolimskim tworzyły prowincje, zwane baliwatami. Te z kolei dzieliły się na komturie, którymi rządzili poszczególni komturowie. W Inflantach i Prusach podlegały im konwenty. Konwent tworzyło 12 "apostołów" w białych płaszczach z naszytymi po lewej stronie krzyżami wąskoramiennymi. Bracia służebni nosili szare płaszcze. Podział na rycerzy, duchownych i służbę przejęto od Joanitów i Templariuszy.
Braćmi-rycerzami mogli zostać jedynie ludzie ze stanu szlacheckiego, pochodzenia niemieckiego czy tez ściśle niemieckiego obszaru językowego. Wyjątki robiono dla członków domów monarszych i książęcych przez wzgląd na koneksje, wpływy i posiadłości ziemskie.
Inna grupę tworzyli półbracia; rzemieślnicy, służba i inni fachowcy. Zwykle jednak byli to rycerze, możni panowie i bogate mieszczaństwo. Mieszkali oni poza domami zakonnymi. Korzystali oni z przywilejów, a jednocześnie nie obowiązywały ich śluby ani reguła zakonna.